Nestorzy i założyciele Klubu wywodzą się z Sekcji Żeglarskiej WKS Legia. Pierwszy rejs morski odbył się w roku 1965 na nowo zakupionym, drewnianym, dwumasztowym jachcie s/y OPAL. Był to pierwszy z serii jachtów znanej klasy Opal. W 1968 SŻ Legii wzbogaciła się o drugi jacht s/y LEGIA, który w swoim pierwszym rejsie z Gdyni do Amsterdamu odwiedził porty Danii, Szwecji, Holandii, a w drodze powrotnej porty NRF i NRD. W 1969 roku z przyczyn finansowych nastąpiła reorganizacja WKS Legia, a jednym ze skutków jest rozwiązanie Sekcji Żeglarskiej Legii. Żeglarze morscy rozwiązanej sekcji postanowili założyć klub morski skupiający kadrę Garnizonu Warszawskiego, który stałby się armatorem jachtów OPAL i LEGIA.
20 października 1970 roku odbyło się zebranie aktywu żeglarskiego w celu powołania tymczasowego zarządu klubu. Głównym zadaniem wybranego zarządu było ustalenie założeń organizacyjnych oraz podjęcie prac przygotowawczych w celu rejestracji klubu i przejęcia w użytkowanie jachtów.
W skład zarządu weszli:
- KomandorAndrosiuk Eugeniusz
- Vicekom. ds. org. Monczulewicz Tadeusz
- Vicekom. ds. szkol. Kukliński Ryszard
- Vicekom. ds. techn. Jarczyński Mieczysław
- Sekretarz Radaj Stanisław
- Skarbnik Wasilewicz Henryk
- Członkowie zarządu: Czeszko Jerzy, Krawczyk Tadeusz, Kubera Hieronim
Oficjalnie Jacht Klub ATOL został powołany do życia 28 kwietnia 1971 r. uzyskując wpis do rejestru Urzędu Spraw Wewnętrznych Prezydium Rady Narodowej m. st. Warszawy po numerem 947. Klub był armatorem jachtów OPAL i LEGIA, a ich portem macierzystym była Gdynia. 20.10.1972 r. decyzją Rady WF Sportu i Turystyki MON jachty OPAL i LEGIA z WKS Legia zostały przekazane na własność JKM ATOL, a ich miejscem bazowania, na podstawie umowy z Marynarką Wojenną była keja Ośrodka Szkolenia Żeglarskiego MW w Gdyni. W 1980 s/y OPAL na skutek złego stanu technicznego nie uzyskał dopuszczenia do żeglugi i spisany ze stanu. Na jego miejsce został kupiony jacht klasy Opal 4, któremu nadano imię FARUREJ. Farurej odbył swój inauguracyjny rejs w czerwcu 1980 r. do Leningradu (St. Petersburga), a jego kapitanem był ówczesny komandor klubu Ryszard Kukliński.
Na początku 1982 roku JKM ATOL decyzją władz wojskowych (stan wojenny) został włączony w skład JKM KOTWICA na zasadzie filii. Po przekształceniu JKM KOTWICA w JKMW KOTWICA, ATOL stał się oddziałem gdyńskiego klubu. Siedziba klubu ATOL zawsze mieściła się w Warszawie, kolejno przy ulicach: Wiśniowej, Wita Stwosza, Krajewskiego, a od 2002 roku przy ulicy 11-go Listopada 17/19.
Nazwiska Komandorów jacht klubu ATOL w poszczególnych latach:
| Data wyboru | Imię i Nazwisko |
|---|---|
| 1970.10.20 | Eugeniusz ANDROSIUK |
| 1971.10.02 | Mieczysław JARCZYŃSKI |
| 1974.04.10 | Ryszard KUKLIŃSKI |
| 1982.02.24 | Mieczysław JARCZYŃSKI |
| 1992.02.27 | Andrzej PAWLUCH |
| 1996.02.18 | Jerzy PASZKOWSKI |
| 2000.03.04 | Andrzej PAWLUCH |
| 2002.10.12 | Zbigniew PATRON |
| 2014.03.15 | Włodzimierz GAUL |
